Archives de microbiologie clinique

Lignes directrices pour les auteurs

Pour soumettre un nouveau manuscrit, les auteurs doivent utiliser le système de soumission en ligne.

Politique

Les Revues de l'Équipe médicale informatique publient des articles de recherche originaux d'une importance médicale exceptionnelle. Nous considérerons des manuscrits de toute longueur ; nous encourageons la soumission d'ouvrages complets et substantiels ainsi que de manuscrits plus courts qui rapportent de nouvelles découvertes qui pourraient être basées sur une gamme plus limitée d'expériences.

Archives de microbiologie clinique est une revue à comité de lecture qui accepte des articles de recherche, des articles de synthèse, des études de cas et de courtes communications dans les domaines de la microbiologie et des maladies infectieuses.

Système de soumission en ligne

Le style d'écriture doit être concis et accessible, en évitant le jargon afin que le document soit compréhensible pour les lecteurs n'appartenant pas à une spécialité ou ceux dont la langue maternelle n'est pas l'anglais. Les rédacteurs feront des suggestions sur la manière d’y parvenir, ainsi que des suggestions de coupures ou d’ajouts qui pourraient être apportés à l’article pour renforcer l’argumentation. Notre objectif est de rendre le processus éditorial rigoureux et cohérent, mais sans être intrusif ou autoritaire. Les auteurs sont encouragés à utiliser leur propre voix et à décider de la meilleure façon de présenter leurs idées, leurs résultats et leurs conclusions. Bien que nous encourageons les soumissions du monde entier, nous exigeons que les manuscrits soient soumis en anglais. Les auteurs qui n’utilisent pas l’anglais comme langue maternelle peuvent nous contacter pour plus d’informations. Afin de surmonter les barrières linguistiques lors de l'acceptation du document, nous encourageons les auteurs parlant couramment d'autres langues à fournir des copies de leurs articles complets ou de leurs résumés dans d'autres langues. Nous publierons ces traductions comme informations complémentaires et les listerons, ainsi que d'autres fichiers d'informations complémentaires, à la fin du texte de l'article.

Frais de traitement des articles (APC) :

La publication en libre accès n’est pas gratuite. Équipe médicale informatique Revues défraye ces frais à même les frais de traitement des articles (FPA) payables par les auteurs une fois le manuscrit accepté pour publication. Équipe médicale informatique n'exige pas de frais d'abonnement pour son contenu de recherche, estimant plutôt qu'un accès immédiat, mondial, sans obstacle et libre au texte intégral des articles de recherche est dans le meilleur intérêt de la communauté scientifique.  

Le délai moyen de traitement des articles (APT) est de 55 jours

Les frais de base de traitement de l'article ou de traitement du manuscrit sont conformes au prix mentionné ci-dessus, mais ils peuvent varier en fonction de l'édition approfondie, des effets colorés, des équations complexes, de l'allongement supplémentaire du no. de pages de l'article, etc.

Type de manuscritFrais de traitement de l'article (en USD) Frais de traitement de l'article (en EURO) Frais de traitement de l'article (en GBP) Tous types d'articles 1357 1219 1036 Article à édition spéciale 1357 1219 1036

Processus rapide d’exécution et de révision éditoriale  (processus de révision FEE) :

Archives de microbiologie clinique participe au Fast Editorial Execution and Review Process (FEE-Review Process) avec un prépaiement supplémentaire de 99 $ en plus des frais réguliers de traitement des articles. Le processus rapide d'exécution et de révision éditoriale est un service spécial pour l'article qui lui permet d'obtenir une réponse plus rapide lors de la phase de pré-révision de la part de l'éditeur chargé du traitement ainsi qu'une révision de la part du réviseur. Un auteur peut obtenir une réponse plus rapide de pré-révision en 3 jours maximum à compter de la soumission, et un processus de révision par le réviseur en 5 jours maximum, suivi d'une révision/publication en 2 jours. Si l'article est notifié pour révision par l'éditeur chargé du traitement, il faudra alors 5 jours supplémentaires pour l'examen externe par le réviseur précédent ou le réviseur alternatif.

Acceptance of manuscripts is driven entirely by handling editorial team considerations and independent peer-review, ensuring the highest standards are maintained no matter the route to regular peer-reviewed publication or a fast editorial review process. The handling editor and the article contributor are responsible for adhering to scientific standards. The article FEE-Review process of $99 will not be refunded even if the article is rejected or withdrawn for publication.

The corresponding author or institution/organization is responsible for making the manuscript FEE-Review Process payment. The additional FEE-Review Process payment covers the fast review processing and quick editorial decisions, and regular article publication covers the preparation in various formats for online publication, securing full-text inclusion in a number of permanent archives like HTML, XML, and PDF, and feeding to different indexing agencies.

Authors Withdrawal Policy

De temps en temps, un auteur peut souhaiter retirer un manuscrit après sa soumission. Changer d'avis est la prérogative de l'auteur et celui-ci est libre de retirer un article sans frais tant que l'article est retiré avant son acceptation. Une fois qu'un article est accepté, le traitement est lancé. Ainsi, si un article est retiré après son acceptation, un montant obligatoire de frais de post-traitement est prélevé sur l'article.

Organisation du manuscrit

La plupart des articles publiés dans les Revues de l'Équipe médicale informatique seront organisés selon les sections suivantes : titre, auteurs, affiliations, résumé, introduction, méthodes, résultats, discussion, références, remerciements et légendes des figures. L'uniformité du format aidera les lecteurs et les utilisateurs de la revue. Nous reconnaissons cependant que ce format n’est pas idéal pour tous les types d’études. Si vous avez un manuscrit qui bénéficierait d'un format différent, veuillez contacter les éditeurs pour en discuter davantage. Même si nous n’imposons aucune restriction quant à la longueur de l’ensemble du manuscrit ou des sections individuelles, nous invitons les auteurs à présenter et à discuter leurs conclusions de manière concise.

Titre (max 125 caractères)

Le titre doit être spécifique à l'étude mais concis, et doit permettre une récupération électronique sensible et spécifique de l'article. Il doit être compréhensible pour les lecteurs extérieurs à votre domaine. Évitez si possible les abréviations spécialisées. Les titres doivent être présentés dans la casse du titre, ce qui signifie que tous les mots, à l'exception des prépositions, des articles et des conjonctions, doivent être en majuscules. Si l'article est un essai contrôlé randomisé ou une méta-analyse, cette description doit figurer dans le titre.

Exemples:

Changement climatique et propagation accrue du paludisme en Afrique subsaharienne Un essai contrôlé randomisé en grappes d'une intervention dirigée par une infirmière

Auteurs et affiliations

Fournissez les prénoms ou initiales (le cas échéant), les deuxièmes prénoms ou initiales (le cas échéant), les noms de famille et les affiliations (département, université ou organisation, ville, état/province (le cas échéant) et pays) pour tous les auteurs. L'un des auteurs doit être désigné comme auteur correspondant. Il est de la responsabilité de l'auteur correspondant de s'assurer que la liste des auteurs et le résumé des contributions des auteurs à l'étude sont exacts et complets. Si l'article a été soumis au nom d'un consortium, tous les membres et affiliations du consortium doivent être répertoriés après les remerciements.

(Pour les critères de paternité, voir Informations complémentaires et documents requis lors de la soumission)

Abstrait

Le résumé est divisé en quatre sections suivantes avec les titres suivants : titre, contexte, méthodes et résultats, et conclusions. Il doit contenir tous les éléments suivants, à l’exception des éléments entre crochets, qui ne sont nécessaires que pour certains types d’études. Veuillez utiliser le même format pour les résumés soumis lors des demandes de pré-soumission.

Titre

Il doit s'agir d'une description claire du contenu du document. La conception doit être présente pour les essais contrôlés randomisés, les revues systématiques ou les méta-analyses et doit être incluse pour d'autres types d'études si cela est utile.

Arrière-plan

Cette section doit décrire clairement la justification de l'étude en cours. Il doit se terminer par un énoncé de l’hypothèse spécifique de l’étude et/ou des objectifs de l’étude.

Méthodes et résultats

Décrivez les participants ou ce qui a été étudié (par exemple, lignées cellulaires, groupe de patients ; soyez aussi précis que possible, en incluant le nombre d'étudiants étudiés). Décrivez la conception de l'étude/l'intervention/les principales méthodes utilisées/ce qui a été principalement évalué, par exemple le critère de jugement principal et, le cas échéant, sur quelle période.

[Le cas échéant, indiquez combien de participants ont été évalués parmi ceux inscrits, par exemple quel a été le taux de réponse à une enquête.]

[Si cela est essentiel à la compréhension de l'article, décrivez comment les résultats ont été analysés, c'est-à-dire quels tests statistiques spécifiques ont été utilisés.]

Pour les principaux résultats, fournissez un résultat numérique, le cas échéant (c'est presque toujours le cas) et une mesure de sa précision (par exemple, intervalle de confiance à 95 %). Décrivez tout événement indésirable ou effet secondaire.

Décrivez les principales limites de l’étude.

Conclusions

Fournissez une interprétation générale des résultats avec toute recommandation importante pour des recherches futures.

[Pour un essai clinique, indiquez tous les numéros et noms d'identification de l'essai (par exemple, numéro d'enregistrement de l'essai, numéro de protocole ou acronyme).]

Introduction

L'introduction doit discuter de l'objectif de l'étude dans un contexte plus large. En rédigeant l’introduction, pensez aux lecteurs qui ne sont pas des experts dans ce domaine. Inclure une brève revue de la littérature clé. S’il existe des controverses ou des désaccords pertinents dans le domaine, ils doivent être mentionnés afin qu’un lecteur non expert puisse approfondir ces questions. L'introduction doit se conclure par un bref énoncé de l'objectif général des expériences et un commentaire indiquant si cet objectif a été atteint.

Méthodes

Cette section doit fournir suffisamment de détails pour permettre la reproduction des résultats. Les protocoles relatifs aux nouvelles méthodes doivent être inclus, mais les protocoles bien établis peuvent simplement être référencés. Une méthodologie détaillée ou des informations complémentaires pertinentes à la méthodologie peuvent être publiées sur notre site Web.

Cette section doit également inclure une section décrivant toutes les méthodes statistiques utilisées. Celles-ci doivent être conformes aux critères définis par les exigences uniformes, comme suit : « Décrire les méthodes statistiques avec suffisamment de détails pour permettre à un lecteur averti ayant accès aux données originales de vérifier les résultats rapportés. Lorsque cela est possible, quantifier les résultats et les présenter avec des indicateurs appropriés. d’erreur de mesure ou d’incertitude (comme les intervalles de confiance). Évitez de vous fier uniquement à des tests d’hypothèses statistiques, comme l’utilisation de valeurs P, qui ne parviennent pas à transmettre des informations quantitatives importantes. Discutez de l’éligibilité des participants à la recherche. Donnez des détails sur la randomisation. Décrivez les méthodes et succès de toute mise en aveugle des observations. Signaler les complications du traitement. Donner le nombre d'observations. Signalez les pertes d’observation (telles que les abandons d’un essai clinique). Les références pour la conception de l'étude et les méthodes statistiques doivent être, lorsque cela est possible, des ouvrages standards (avec les pages indiquées) plutôt que des articles dans lesquels les conceptions ou les méthodes ont été initialement rapportées. Précisez tous les programmes informatiques à usage général utilisés.

Results

The results section should include all relevant positive and negative findings. The section may be divided into subsections, each with a concise subheading. Large datasets, including raw data, should be submitted as supporting files; these are published online alongside the accepted article. The results section should be written in past tense.

As outlined in the Uniform requirements, authors that present statistical data in the Results section, should "...specify the statistical methods used to analyze them. Restrict tables and figures to those needed to explain the argument of the paper and to assess its support. Use graphs as an alternative to tables with many entries; do not duplicate data in graphs and tables. Avoid nontechnical uses of technical terms in statistics, such as "random" (which implies a randomizing device), "normal," "significant," "correlations," and "sample." Define statistical terms, abbreviations, and most symbols."

Discussion

La discussion doit être concise et argumentée. Il doit commencer par un bref résumé des principales conclusions. Il doit inclure des paragraphes sur la généralisabilité, la pertinence clinique, les points forts et, surtout, les limites de votre étude. Vous souhaiterez peut-être également discuter des points suivants. Comment les conclusions affectent-elles les connaissances existantes dans le domaine ? Comment les recherches futures peuvent-elles s’appuyer sur ces observations ? Quelles sont les expériences clés à réaliser ?

Les références

Seuls les manuscrits publiés ou acceptés doivent être inclus dans la liste de références. Les réunions, résumés, conférences ou articles soumis mais non encore acceptés ne doivent pas être cités. Une citation limitée d’ouvrages non publiés doit être incluse dans le corps du texte uniquement. Toutes les communications personnelles doivent être appuyées par une lettre des auteurs concernés.

L'Équipe médicale informatique utilise la méthode de la citation numérotée (citation-séquence). Les références sont répertoriées et numérotées dans l'ordre dans lequel elles apparaissent dans le texte. Dans le texte, les citations doivent être indiquées par le numéro de référence entre parenthèses. Les citations multiples au sein d’un même ensemble de parenthèses doivent être séparées par des virgules. Lorsqu’il y a trois citations séquentielles ou plus, elles doivent être données sous forme de fourchette. Exemple : "...a été affiché précédemment [1,4–6,22]." Assurez-vous que les parties du manuscrit sont dans le bon ordre pour la revue concernée avant de classer les citations. Les légendes des figures et les tableaux doivent se trouver à la fin du manuscrit.

Étant donné que les références seront liées électroniquement autant que possible aux articles qu'elles citent, un formatage approprié des références est crucial. Veuillez utiliser le style suivant pour la liste de références :

Articles publiés

1. Sanger F, Nicklen S, Coulson AR (1977) Séquençage de l'ADN avec des inhibiteurs de terminaison de chaîne. Proc Natl Acad Sci USA 74 : 5463-5467.

Veuillez énumérer les cinq premiers auteurs, puis ajouter « et al. » s'il y a des auteurs supplémentaires. L'utilisation d'un numéro DOI pour l'article en texte intégral est acceptable comme alternative ou en plus des numéros de volume et de page traditionnels.

Documents acceptés

Comme ci-dessus, mais « Sous presse » apparaît à la place des numéros de page. Exemple : Chemin de clinique avancé. Dans la presse.

Articles de revues électroniques

1. Loker WM (1996) « Campesinos » et la crise de la modernisation en Amérique latine. Jour Pol Ecol 3. Consulté le 11 août 2006.

Livres

1. Bates B (1992) Négocier pour la vie : une histoire sociale de la tuberculose. Philadelphie : Presses de l'Université de Pennsylvanie. 435 p.

Chapitres de livres

1. Hansen B (1991) Épidémies et histoire de la ville de New York pour le public. Dans : Harden VA, Risse GB, éditeurs. Le sida et l'historien. Bethesda : Instituts nationaux de la santé. p. 21-28.

Remerciements

Les personnes qui ont contribué au travail, mais ne correspondent pas aux critères d'auteur, doivent être répertoriées dans les remerciements, avec leurs contributions. Vous devez également vous assurer que toute personne nommée dans les remerciements accepte d'être ainsi nommée.

Les détails des sources de financement qui ont soutenu le travail doivent être limités à la déclaration de financement. Ne les incluez pas dans les remerciements.

Financement

Cette section doit décrire les sources de financement qui ont soutenu le travail. Veuillez également décrire le rôle du ou des promoteurs de l'étude, le cas échéant, dans la conception de l'étude ; collecte, analyse et interprétation des données ; rédaction du document ; et décision de le soumettre pour publication.

Intérêts concurrents

Cette section doit énumérer les intérêts concurrents spécifiques associés à l'un des auteurs. Si les auteurs déclarent qu'il n'existe aucun intérêt concurrent, nous imprimerons une déclaration à cet effet.

Abréviations

Veuillez limiter les abréviations au minimum. Répertoriez toutes les abréviations non standard par ordre alphabétique, ainsi que leur forme développée. Définissez-les également lors de la première utilisation dans le texte. Les abréviations non standard ne doivent pas être utilisées à moins qu'elles n'apparaissent au moins trois fois dans le texte.

Nomenclature

L'utilisation d'une nomenclature standardisée dans tous les domaines de la science et de la médecine constitue une étape essentielle vers l'intégration et la mise en relation des informations scientifiques rapportées dans la littérature publiée. Nous imposerons l’utilisation d’une nomenclature correcte et établie dans la mesure du possible :

Nous encourageons fortement l’utilisation des unités SI. Si vous ne les utilisez pas exclusivement, veuillez indiquer la valeur SI entre parenthèses après chaque valeur.

Les noms des espèces doivent être en italique (par exemple, Homo sapiens) et le genre et l'espèce complets doivent être écrits au complet, à la fois dans le titre du manuscrit et à la première mention d'un organisme dans un article ; après cela, la première lettre du nom du genre, suivie du nom complet de l'espèce, peut être utilisée.

Les gènes, mutations, génotypes et allèles doivent être indiqués en italique. Utilisez le nom recommandé en consultant la base de données de nomenclature génétique appropriée, par exemple HUGO pour les gènes humains. Il est parfois conseillé d'indiquer les synonymes du gène lors de sa première apparition dans le texte. Les préfixes de gènes tels que ceux utilisés pour les oncogènes ou la localisation cellulaire doivent être affichés en romain : v-fes, c-MYC, etc.

La dénomination commune internationale recommandée (dNIr) des médicaments doit être fournie.

Numéros d'accession

Tous les ensembles de données, images et informations appropriés doivent être déposés dans des ressources publiques. Veuillez fournir les numéros d'accession pertinents (et les numéros de version, le cas échéant). Les numéros d'accession doivent être indiqués entre parenthèses après l'entité lors de la première utilisation. Les bases de données suggérées incluent, sans s'y limiter :

TableauExpress

Base de données de biomodèles

Base de données des protéines en interaction

Banque de données ADN du Japon [DDBJ]

Base de données de séquences nucléotidiques EMBL

Banque Gen

Omnibus sur l'expression génique [GEO]

Banque de données sur les protéines

UniProtKB/Swiss-Prot

ClinicalTrials.gov

De plus, dans la mesure du possible, veuillez fournir les numéros d'accession ou les identifiants de toutes les entités telles que les gènes, les protéines, les mutants, les maladies, etc., pour lesquelles il existe une entrée dans une base de données publique, par exemple :

Assembler

Entrez Gene

Base de mouche

InterPro

Base de données sur le génome de la souris (MGD)

Héritage mendélien en ligne chez l'homme (OMIM)

La fourniture de numéros d’accès permet d’établir des liens vers et depuis des bases de données établies et intègre votre article à une collection plus large d’informations scientifiques.

Les figures

Si l’article est accepté pour publication, il sera demandé à l’auteur de fournir des versions haute résolution et prêtes à imprimer des figures. Veuillez vous assurer que les fichiers sont conformes à nos directives pour la préparation des figures et des tableaux lors de la préparation de vos figures pour la production. Après acceptation, les auteurs seront également invités à fournir une image attrayante pour mettre en valeur leur article en ligne. Toutes les figures seront publiées sous une licence d'attribution Creative Commons, qui permet de les utiliser, de les distribuer et de les développer librement à condition que l'attribution appropriée soit donnée. Veuillez ne pas soumettre de chiffres qui ont déjà été protégés par des droits d'auteur, sauf si vous avez l'autorisation écrite expresse du détenteur des droits d'auteur de publier sous la licence CCAL.

Légendes des figures

Le but de la légende de la figure doit être de décrire les messages clés de la figure, mais la figure doit également être discutée dans le texte. Une version agrandie de la figure et sa légende complète seront souvent visualisées dans une fenêtre séparée en ligne, et il devrait être possible pour un lecteur de comprendre la figure sans avoir à basculer entre cette fenêtre et les parties pertinentes du texte. Chaque légende doit avoir un titre concis de 15 mots maximum. La légende elle-même doit être succincte, tout en expliquant tous les symboles et abréviations. Évitez les longues descriptions de méthodes.

les tables

Tous les tableaux doivent avoir un titre concis. Les notes de bas de page peuvent être utilisées pour expliquer les abréviations. Les citations doivent être indiquées en utilisant le même style que celui indiqué ci-dessus. Les tableaux occupant plus d’une page imprimée doivent être évités, si possible. Des tableaux plus grands peuvent être publiés sous forme d’informations complémentaires en ligne. Les tableaux doivent être basés sur des cellules ; n'utilisez pas d'éléments d'image, de zones de texte, d'onglets ou de retours dans les tableaux. Veuillez vous assurer que les fichiers sont conformes à nos directives pour la préparation des figures et des tableaux lors de la préparation de vos tableaux pour la production.

1) Lorsque vous soumettez un article ; les tableaux et les figures doivent être soumis dans des fichiers séparés

2) Les tableaux doivent être au format Word.doc

3) Les graphiques linéaires doivent être au format tif ou eps et avec une résolution de 900 à 1 200 dpi. Si vous n'en êtes pas sûr, veuillez nous envoyer le graphique au format Microsoft Excel et nous le convertirons au format eps ou tif.

4) Les photographies ne contenant aucun texte doivent être au format jpg ou tif avec une résolution de 500+ dpi. Si vous n'avez pas de tif ou d'eps, veuillez le soumettre au format jpg.

5) Les images contenant une combinaison d'éléments de texte et d'image doivent être au format jpg, tif ou eps avec une résolution de 500 à 1 200 dpi. Si vous n'avez pas de tif ou d'eps, veuillez le soumettre au format jpg.

**** En règle générale, nous n'accepterons AUCUNE image dont la résolution est inférieure à 300 dpi. Vous devez soumettre au moins au format jpg, de cette façon nous pouvons le changer dans n'importe quel autre format en conséquence.

**** Veuillez noter que toutes les images doivent être grandes (supérieures à la taille prévue) et de haute résolution.

Pour plus d'informations concernant les exigences de qualité d'image, veuillez visiter : National Library of Medicine

Veuillez noter que nous appliquerons strictement ces conditions et que les fichiers qui ne sont pas conformes à ces exigences ne seront pas pris en compte pour la publication. Fichiers multimédias et informations complémentaires

Nous encourageons les auteurs à soumettre les fichiers justificatifs essentiels et les fichiers multimédias avec leurs manuscrits. Tous les documents de support seront soumis à un examen par les pairs et doivent avoir une taille inférieure à 10 Mo en raison des difficultés que certains utilisateurs rencontreront lors du chargement ou du téléchargement de fichiers de plus grande taille. Si votre matériel pèse plus de 10 Mo.

Les fichiers de support doivent appartenir à l'une des catégories suivantes : ensemble de données, figure, tableau, texte, protocole, audio ou vidéo. Toutes les informations complémentaires doivent être mentionnées dans le manuscrit avec un S majuscule en tête (par exemple, figure S4 pour la quatrième figure d'informations complémentaires). Les titres (et, si vous le souhaitez, les légendes) de tous les fichiers d'informations à l'appui doivent être répertoriés dans le manuscrit sous le titre « Informations à l'appui ».