Certaines enzymes se lient uniquement à certains substrats. Il existe 4 types de spécificité, à savoir la spécificité absolue, la spécificité de groupe, la spécificité de liaison et la spécificité stéréochimique en fonction de leurs sites stériques, du nombre de réactions qu'ils subissent, des groupes, du type de liaison qu'ils forment.
Le substrat est relativement plus petit que l'enzyme. Par conséquent, le substrat se lie à une partie de l’enzyme. Le substrat est attaché à l'enzyme avec de faibles forces de liaison telles que la liaison hydrogène, les interactions électrostatiques et les interactions dipôle-dipôle. Les substrats sont généralement complémentaires des enzymes. Il est cependant possible qu’ils ne s’emboîtent pas parfaitement. Ces forces de liaison aident le complexe à être plus stable. Dans le cas de réactions à deux substrats impliquant un complexe ternaire, deux substrats doivent être liés près l'un de l'autre pour précéder la réaction. Il est impossible de procéder à la réaction si deux substrats ne sont pas adjacents ou proches spatialement. Dans ce cas, l'enzyme devrait avoir une certaine spécificité stérique.
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