Les maladies des pêcheries doivent être prises en considération car certaines maladies peuvent être transmises aux humains lors de la consommation et certaines peuvent être rapidement mortelles. Cela perturbe la santé aquatique. La mycobactériose et la nocardiose, les nématodes Anisakis et la maladie des manipulateurs d'écrevisses (« doigt de phoque ») sont les types courants de maladies des poissons.